狭义的土壤微生物修复技术是利用微生物的作用将土壤中有害的有机污染物降解为无害的无机物(C02和H20)或其他无害物质的过程。通常就把这种技术称为土壤的微生物修复;广义的土壤污染微生物修复利用土壤中的各种生物-植物、土壤动物和微生物吸收、降解和转化土壤中的污染物，使污染物的浓度降低到可接受的水平，或将有毒有害的污染物转化为无害的物质。

　　（一）土壤微生物修复的局限性

　　微生物修复技术有着其他方法无法比拟的优点，但也有其自身的局限性，主要表现在以下几个方面。

　　（1）微生物不能降解污染环境中的所有污染物。污染物的难生物降解性、不溶性以及污染物土壤腐殖质或泥土结合在一起常使微生物修复难以进行。

　　（2）一些低渗透性土壤往往不宜采用微生物修复技术。

        （3）特定的微生物只降解特定的化合物类型，化合物形态一旦变化就难以被原有的微生物酶系降解。

　　（4）场地条件和环境因素对微生物修复的效率影响较大，与物理法、化学法相比，这一方法治理污染土壤的时间相对较长。

　　（5）有些情况下，微生物修复不能将污染物全部去除，因为当污染物浓度太低不足以维持一定数量的降解菌时，残余的污染物就会留在土壤中。

　　（6）土壤中的持久性有机污染物很难被一般的微生物所降解，在实用规模修复中，引进的高效降解微生物在土壤不灭菌条件下很难同土著菌竞争而保持降解所需要的种群和数量。

　　（7）低温和低含水率条件下，寒冷与干旱半干旱地区的污染土壤，以及海洋中的石油污染治理是微生物修复尚待研究的一个重要课题。

　　（二）土壤微生物修复的原则

　　尽管微生物修复技术多种多样，生物修复的地点千差万别，但它必须遵循3个原则，即使用适合的微生物、在适合的地点和适合的环境条件下进行。

　　(1)适合的微生物是指具有生理和代谢能力并能降解污染物的细菌和真菌。在许多情况下，修复位点处就有降解微生物存在，如果在反应器内处理高浓度有毒污染物，则需要加入外源微生物。

　　(2)适合的地点是指要有污染物和合适的微生物相接触的地点，如在表层土壤中存在的降解苯微生物是无法降解位于蓄水层中的苯系污染物，只有抽取污染水到地面在地上生物反应器内处理，或将合适的微生物引入污染的蓄水层中处理。

　　(3)适合的环境条件是指要控制或改变环境条件，使微生物的代谢和生长活动处于最佳状态。环境因子包括温度、无机营养盐（主要是氮和磷）、电子受体（氧气、硝酸盐和硫酸盐）和pH值等。